AI for Biology

• Protein structure prediction：AlphaFold 1/2/3、ESMFold、co-evolutionary analysis、MSA transformers
• Protein design：inverse folding（ProteinMPNN）、用于 protein generation 的 diffusion（RFDiffusion）、hallucination
• Drug discovery：molecular representations（SMILES、graphs）、molecular property prediction、virtual screening、docking
• Generative chemistry：molecular generation（VAE、GAN、diffusion）、retrosynthesis prediction
• Genomics：DNA sequence modelling（Enformer、Hyena DNA）、variant effect prediction、CRISPR guide design
• Single-cell analysis：scRNA-seq、cell type clustering、trajectory inference
• Medical imaging：radiology（CheXNet）、pathology（whole-slide images）、segmentation（nnU-Net）
• Clinical NLP：medical entity extraction、clinical trial matching、electronic health records